现在云服务器主要使用的操作系统有以下几种：
1. Linux：包括各种发行版，如Ubuntu、CentOS、Debian等。Linux系统具有稳定性高、开放源代码、易于定制等特点，被广泛应用于云服务器环境。
2. Windows Server：Windows Server是微软推出的服务器操作系统，适用于各种企业级应用和服务。它提供了广泛的功能和工具，适合在云服务器上托管Windows应用程序。
3. FreeBSD：FreeBSD是一种开放源代码的类Unix操作系统，具有高度稳定性和安全性。它在某些特定场景下被用作云服务器操作系统。
总体而言，Linux系统是云服务器最常用的操作系统之一，因为它具有高度可定制性、高性能和稳定性，同时还有庞大的社区支持。